يتألف الهيكل المؤسسي للنخبة من مجلس الإدارة الذي يقوم رئيسه بالإشراف على مجمل أعمال الشركة، ومدير عام الشركة الذي يدير مشاريعها وأعمالها ويوجه جميع العمليات فيها ويضمن استمرارها ونموها. وتنفذ النخبة أعمالها من خلال أربع وظائف رئيسية هي العمليات والمشاريع، الشؤون الإدارية والمالية، والتطوير، والعلاقات والاتصال. وتقوم هيكلة إدارة العمليات على نموذج إدارة المشاريع التي تتألف من مدير المشروع وطاقمه. وتدعم الشركة أعمالها من خلال نظام إداري متكامل بحيث تتم جميع إجراءات العمل من خلال نظام إدارة الجودة المعتمد لدى الشركة.
يعمل في النخبة مجموعة متميزة من الموظفين الخبراء في جميع مجالات العمل والخدمات التي تقدمها، بالإضافة إلى مجموعة من المستشارين الملتزمين والمتعاقدين مع النخبة الذين يتم الاستفادة من خدماتهم حسب الحاجة، وكذلك فان النخبة تقيم علاقات عمل ائتلافية مع شركات استشارية إقليمية وعالمية توفر الدعم الاستشاري والمعرفي.
